Algo alejada del centro histórico de San Miguel, está la iglesia de San Juan de Dios, en el barrio del mismo nombre. La construcción del templo comenzó en 1770, pero ya existía una estructura en el lugar. Después de muchos años de recaudar fondos y reducir la burocracia, se construyó un hospital en 1753. Dado que los más pobres de los pobres eran en su mayoría indígenas, llegó a ser conocido como "hospital de indios" y había una pequeña capilla adjunta, dedicada a San Rafael, considerado patrón de las enfermeras, los médicos, los trabajadores médicos y la curación; su nombre hebreo significa "Dios ha sanado".
Una leyenda popular afirma que San Rafael devolvió la vista a un joven llamado Tobías y mató al demonio que acosaba a su amada, Sarah, lo que permitió que los dos se casaran. Un óleo del pintor holandés Jan Steen (circa 1606) describe la historia.
Cuando comenzó la construcción de la iglesia, se intentó mantener la capilla, sin embargo, en la actualidad solo quedan algunos vestigios de ella en el sitio. En un principio, el hospital estaba bajo la autoridad virreinal y allí se podían tratar hasta 100 pacientes. Pero con el paso del tiempo, la financiación se hizo cada vez más escasa y, a principios del siglo XIX, el hospital estaba en completo mal estado. Con solo una enfermera, solo ocho pacientes podrían ser atendidos. En 1935, el hospital se convirtió en escuela, que es lo que sigue siendo hasta el día de hoy.
A lo largo de los años, la iglesia de San Juan de Dios se ha convertido en un foco central para el barrio a tal punto que casi se siente como si fuera parte de un pequeño pueblo separado, una isla en sí misma. Sin embargo, durante la temporada de Semana Santa la iglesia de San Juan de Dios se integra a una gran celebración religiosa en San Miguel, y acoge una estatua muy importante. El sábado, una semana antes del Domingo de Ramos, una figura de tamaño natural de un Cristo ensangrentado apoyado en una columna para sostenerse, es traída desde Atotonilco a hombros de los fieles.
El Señor de la Columna es acompañado por una procesión de miles, el sonido de los tambores y el canto del himno, llevado al interior de la iglesia San Juan de Dios en medio del estruendoso repique de las campanas y la explosión de los fuegos artificiales. Allí permanece hasta tres días después de Semana Santa, cuando en medio de fuegos artificiales y música es devuelto a Atotonilco.
La entrega ritual de la estatua comenzó en 1812, cuando la ciudad fue devastada por una epidemia, y la gente del pueblo esperaba que la visita de la figura antigua ofreciera un respiro y cura de la enfermedad. La tradición se instaló en San Miguel, y en 2022 celebró su 200 aniversario.
Para conmemorar esa ocasión se erigió una estatua del Señor de la Columna, hecha de cantera, roca volcánica extraída de cantera. Se levanta sobre un pedestal en la plaza pública a un costado de la iglesia, y fue realizada por el escultor sanmiguelense Jorge Godínez.
El interior de la iglesia es bastante escaso y no hay obras de arte significativas en las paredes. Sin embargo, hay un mural en el muro occidental de la nave, cerca de la entrada principal. Definitivamente es una obra antigua, la crucifixión con todos los personajes principales: la Virgen María, María Magdalena y un hombre que muy probablemente es Juan el Bautista, a los pies de Cristo. Los dos ladrones también se muestran en cruces a ambos lados, y en la parte superior derecha del mural se puede ver a un soldado romano a caballo.
Uno de los elementos extraños es una representación del infierno debajo de todo, llamas y manos de los condenados levantadas hacia arriba. No hay nombre del pintor original, y ninguno de los historiadores de la ciudad parece tener esa información. Es posible que sea una de las muchas obras anónimas de la ciudad. Lo significativo, sin embargo, es que hay dos inscripciones que hacen referencia a la restauración del mural. El primero está del lado izquierdo, y es el de Lorenzo Barajas, miembro de una renombrada familia de artistas de San Miguel de Allende, fechado el 25 de octubre de 1952. Su antepasado, José María Barajas, nacido en 1840 fue el encargado de terminar los murales del Santuario de Atotonilco tras la muerte del pintor original, Miguel Antonio Martínez de Pocasangre.
Mural: fotografiado por Jack Paulus
Aparte del mural, hay varias pinturas en las paredes de la sacristía. No hay fechas ni nombres del artista o artistas.
Aquí están dos de las varias pinturas en la sacristía, cada una de ellas declarando parte del Padrenuestro. Obviamente son bastante antiguos, lo más probable es que se hayan hecho hace al menos un siglo.